남양주시는 크게 동북방의 산지와 서남방의 분지로 구분되는데 동북지역에는 주금산(813.6m), 축령산(879m), 천마산(812m), 운길산(610.2m)과 서쪽으로는 서울의 도봉산과 대치한 수락산(637m), 불암산(509m)이 솟아 있으며 중심부에 넓은 분지를 이루고 있다.

동쪽으로는 북한강이 남으로 흐르다가 조안면 능내리에서 남한강과 합류하여 한강을 이룬 가운데 와부읍과 지금동의 남단을 비켜 서해로 흘러든다. 남?북한강의 합류지점에 형성된 팔당호는 2천만 수도권 시민의 상수원인 동시에 팔당댐은 수도권의 전력수급과 홍수조절능력을 갖추어 국가적으로도 귀중한 자산이다. 평지의 지질은 대체로 비옥하여 서울을 시장으로 한 고등소채의 주생산지이며, 특히 별내면, 진건읍 지역의 사양토에서 다량으로 생산되는 먹골배는 맛과 질이 우수하여 호평을 받고 있다.