품종개량이 무조건 좋은 것만은 아니다. 대표적인 예로 제4공화국 당시의 통일미가 있다. 당시 시대상을 반영해 수확량에 중점을 두고 개량했지만, 병충해에 취약했다고 한다. 통일벼 품종이 잘린 게 77년 흉작이 큰 이유이기도 하다.맛이 한 5년쯤 묵힌 느낌인 것도 있고.[3] 국립종자원의 품종보호를 보면 품종이 구별성, 균일성 및 안정성을 구비하고 있는지 여부를 평가한다고 한다.

통일미의 사례에서 보듯, 하나의 성질을 개량하는 데 방향만 맞추다가 다른 부분을 놓쳐서 개량이 아닌 개악이 될 수도 있다는 점이 품종개량의 위험성. 동물중에서도 특히 반려동물로 많이 삼는 개의 경우도 그 품종의 특성을 무시하고 보기 좋게 만드는 것에만 집중하는 품종 개량이 진행되고 있다. 비 상식적인 행위로 만든 티컵 강아지 같은 것들이 최종 테크가 될 수 있다는 것이다. 

게다가 견종이나 묘종 품종 개량의 이면에는 강아지 공장이나 고양이 공장 등 그 품종들을 비위생적이고 열악한 환경에서 대량생산해서 팔아먹는 업소라던가 사기분양 등의 위험한 이면이 존재하고, 성격이나 형태를 중점으로 개량을 하다보니 그 과정에서 많은 신체적 결함이나 유전병이 발생한다. 게다가 혈통에서 오는 외형이나 성격 유지 등을 위해 순종견, 순종묘들은 결국 가까운 세대든 먼 세대든 근친을 할 수밖에 없어 유전자 풀이 기본적으로 좁다는 위험이 따라온다. 이걸 넘어서서 품종 개량을 시전하는 브리더들의 입맛에 안 맞는 개체는 도태(안락사)행을 당하기도 한다고.