청국장은 '약이 되는 음식'의 대명사이다. 청국장에 들어 있는 레시틴과 단백질 분해 효소는 혈관을 막고 있는 혈전이나 콜레스테롤을 녹이는 효과가 탁월할 뿐 아니라 바실러스균에 의한 정장 효과가 뛰어나 설사를 방지하고 변비도 개선시켜 줌으로써 다이어트에도 좋다. 최근 한 연구 결과에 따르면 청국장에 들어 있는 펩타이드와 항산화 성분이 고혈압 환자에게도 효과가 있는 것으로 나타났다. 이 같은 효능 때문에 요즘에는 청국장을 가루나 환 형태로도 판매하고 있으며 일본식 청국장이라 불리는 '낫토(納豆.なっとう)'에 대한 관심도 높다. 낫토는 삶은 콩에 낫토균(바실러스균)을 첨가해 발효시킨 생 청국장이다. 일본에서는 산모에게 출산 2주 전부터 낫토를 먹도록 권하는데 이는 낫토가 뼈 형성에 중요한 역할을 하는 비타민 K-2 함유율이 높고 산후 비만을 막는 데도 좋기 때문이다.