뮤직포유님께서 자세히 설명을 잘 해주셨네요.
윈도우XP의경우 그렇게 하시면 되고요....
윈도우98의 경우는 시스템복원이라는게 없죠.
마찬가지로 XP의 경우도 시스템구성유틸리티라는 내용이 없습니다.
시스템구성유틸리티 창에 들어가서 체크를 해제해도 실행은 안되지만 항목은 그대로 남아있게 됩니다.
그럴때는 레지스트리 편집창을 여시고 직접 지워 주세요.
윈도우98이나 XP모두 동일한 방법으로 하시면 됩니다.

시작-실행-regedit이라고 입력을 하고 다음의 경로로 찾아 갑니다.
HKEY_CURRENT_USER ->SOFTWARE ->Microsoft ->Windows ->currentversion
여기서 Run,Run-,Runonce키를 선택하고 해당 항목을 지우시면 됩니다.
또 같은방법으로...
HKEY_LOCAL_MACHINE ->SOFTWARE ->Microsoft ->Windows ->currentversion
여기서 Run,Run-,Runonce키를 선택하고 해당 항목을 지우시면 됩니다.

공개자료실같은데 들어가면 이런 내용들을 관리 해줄수 있는 프로그램들이 나와 있습니다.
그냥 참조 하세요.