취득세는 신축됐을때 빌라라도 개인분양이 되었다면 그 분양금으로 취득세 내는것이고 그후는 매매라고 취득세가 결정됩니다
만일 매매가 시가표준액보다 적게 적어졌다면 높은금액인 시가표준액이 취득세 과표가 되는것이죠

대부분 당연이 내무부과표보다는 실거래가 높으니 실거래금액이 취득세 과표가 되겠죠
평수가 문제가 되지는 않죠

만일 재산세가 부과되는것은 평수가 같으면 같은 세금이 나올수 있지만 취득세는 아니죠

아마 그친구분은 신축빌라 건축주였다면 건축주 감면이나 건축비가 자못산정되서 돌려받으신것일거여요

정 궁금하시다면 취득세를 과세했던 구청에 문의해보심이 제일 정확할것 같네요